El Comité Nacional de Inteligencia es la instancia en la que los subsistemas y agencias proveen, obligatoriamente, información de inteligencia y contrainteligencia en forma oportuna y permanente a la Secretaría de Inteligencia, desde cada uno de sus ámbitos de acción y coordinan e intercambian estos productos entre sí, en salvaguarda de los intereses y seguridad integral del Estado. Está presidido por el Secretario de Inteligencia y se encuentra conformado por los siguientes miembros:

1. El Secretario de Inteligencia, quien lo preside;
2. El Delegado del Ministro Coordinador de Seguridad;
3. El Director General de Inteligencia de Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas;
4. El Director General de Inteligencia de la Policía Nacional;
5. El Jefe de la Unidad de Lucha contra el Crimen Organizado;
6. El Delegado del Ministro de Relaciones Exteriores;
7. El Director de Inteligencia de Hidrocarburos;
8. Director General de la Unidad de Inteligencia Financiera;
9. El Jefe del Servicio de Protección Presidencial; y
10. El Director de la Unidad de Gestión de Seguridad Interna de la Presidencia de la República.

Adicional podrán integrar el Comité, para efectos informativos, representantes de otros organismos o entidades públicas o privadas cuya información permita complementar el conocimiento de asuntos referidos con la Seguridad Integral del Estado, a quienes se los nombrará como invitados permanentes al Comité Nacional de Inteligencia. Estos son:

1. Representante del Servicio de Rentas Internas;
2. Representante del Servicio Nacional de Aduana del Ecuador;
3. Representante del Ministerio de Defensa Nacional; y
4. Representante de la Dirección General de Aviación Civil.