La Secretaría de Inteligencia a más de brindar productos de inteligencia para la toma de decisiones oportunas en los diferentes ámbitos, también se interna en el campo operativo. Con apoyo de los subsistemas y sus respectivas unidades de inteligencia, como la DGI de la Policía Nacional, el subsistema de inteligencia militar (G2) y la Unidad de Análisis Financiero (UAF); ejecuta de manera permanente  operaciones contra el crimen organizado, el narcotráfico, la minería ilegal, el tráfico de personas, el contrabando de armas y demás amenazas a la integridad ciudadana.

Es mediante la labor conjunta del gran equipo conformado por la Secretaría de Inteligencia y las organizaciones coordinadas que se han alcanzado grandes logros como la captura de la mayoría de  delincuentes que pertenecen a la lista de los más buscados, o la disminución del tráfico ilegal de combustibles en las fronteras; además, la Secretaría ha brindado un aporte significativo en las operaciones realizadas en la lucha contra la minería ilegal y el crimen organizado.

Como órgano rector del Sistema Nacional de Inteligencia, la Secretaría brinda soporte firme e incondicional a todas las Unidades de Inteligencia en el deber patriótico de proteger a las y los ecuatorianos para así alcanzar el buen vivir.

En lo que va del 2013 el sistema nacional de Inteligencia ha logrado realizar más de 800 (ochocientas) operaciones de inteligencia dentro de las que se incluyen el caso crepúsculo, relacionado con terrorismo internacional, el caso avalancha, relacionado con bandas delictivas y los más buscados, recaptura de prófugos.

Dentro de las operaciones se ha logrado desarticular bandas delincuenciales de muy alto peligro a nivel nacional, y además controlar el tráfico de combustibles y la minería ilegal dentro de muchos otros peligros sociales.

Adicional, existen los delitos financieros que menoscaban la integridad de las instituciones y los sistemas financieros, desalientan la inversión extranjera y distorsionan los flujos internacionales de capital, inciden negativamente en la estabilidad financiera y la evolución macroeconómica de un país al disminuir el bienestar, al desviar recursos de actividades económicas más productivas e incluso al generar efectos de contagio desestabilizadores en otros países.

Es así que la Unidad de Análisis Financiero hasta la fecha ha realizado 91 análisis financieros enviados a la Fiscalía General del Estado, teniendo, dentro de muchos otros, 5 casos importantes que fueron judicializados  en los cuales se pudo sentenciar a 16 personas involucradas sobre todo con el lavado de activos.

El sistema Nacional de Inteligencia, encabezado por la Secretaría de Inteligencia, procura realizar operaciones efectivas en contra de las amenazas que afecten la Seguridad Integral del Estado y prevenir a toda costa la creación de nuevos peligros para el estado y la ciudadanía.